截至2017年12月,哈尔滨医科大学的国家重点学科有药理学科和营养与食品卫生学科。
该学校还有黑龙江省级重点专业10个、国家级“本科教学工程”专业综合改革建设项目1个、教育部卓越医生教育培养计划改革试点项目3项、国家人才培养模式创新实验区1个、黑龙江省级人才培养模式创新试验区1个、黑龙江省级“本科教学工程”专业综合改革建设项目3个、国家实验教学示范中心4个、国家虚拟实验教学中心1个、国家级校外实践教育基地3个、国家资源共享课程12门、国家视频公开课程4门和国家级双语教学示范课程2门。
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